Le premier partenaire institutionnel du GAPCM est tout naturellement le Ministère de la Peche et de l’Economie Bleue(MPEB). C’est l’interlocuteur, privilégié avec qui le Groupement négocie, élabore des projets visant à contribuer à l’aménagement de la pêcherie. A ce titre le GAPCM du Conseil d’Administration de l’Agence Malgache pour la Pêche et l’Aquaculture (AMPA). Le Ministère cofinance par ce même fonds mais aussi avec les fonds de contrepartie des accords de pêche avec l’Union Européenne certaines actions communes initiées par le GAPCM.